Mây trắng bay về được coi là đỉnh cao của sự nghiệp Thanh Lam, là cột mốc chói lọi của bộ đôi giữa cô và Quốc Trung[31][32]. Tuy nhiên vì nhiều lý do chuyên môn cũng như cá nhân, số lượng phát hành lại khá hạn chế[32]. Không lâu sau khi phát hành album, gia đình Thanh Lam - Quốc Trung chính thức tan vỡ, đánh dấu quãng thời gian gián đoạn tới 10 năm giữa họ về mặt âm nhạc[33]. Thanh Lam để lại nhiều tiếc nuối về cuộc chia tay này: "15 năm với Quốc Trung tôi chỉ có duy nhất Mây trắng bay về, mà lúc ấy chúng tôi trẻ trung, đầy năng lượng, ăm ắp hoài bão, thách thức và ngông cuồng. Nghĩ lại tôi vẫn tiếc, quá phí phạm thời gian cho cả hai... Quốc Trung tài năng, anh ấy đáng lẽ làm được nhiều hơn, tôi rất tiếc cho anh ấy."[34]

Cho dù từng tham gia thực hiện biên tập album đầu tay của Trần Thu Hà mang tên Em về tinh khôi (1999), song phải đến Mây trắng bay về, người yêu nhạc mới thấy được sự xuất hiện ấn tượng của Quốc Trung trong vai trò sáng tác cũng như sản xuất[3][4]. Đây cũng là tiền đề để anh thực hiện thành công những album xuất sắc khác sau đó, như Ngày không mưa (2001), Khu vườn yên tĩnh (2004), Vòng tròn (2011) của Hồng Nhung hay Giấc mơ tôi (2012) của Uyên Linh. Giải thích về thành công của Mây trắng bay về, nhạc sĩ Dương Thụ cho rằng album đã khai thác thành công những chất liệu dân gian của nhạc Việt, âm nhạc thính phòng và nhạc cụ điện tử "làm nền cho giọng hát Thanh Lam đằm thắm, duyên dáng, mãnh liệt, một Thanh Lam rất Việt Nam mà vẫn hiện đại mới mẻ?"[29] Ông cũng đánh giá rất cao phần thể hiện của Thanh Lam các ca khúc của mình, đặc biệt là phần trình diễn sáng tác "Gọi anh" mà ông cho rằng "mình đã gặp thêm một người tri kỷ."[29] Nhạc sĩ Quốc Bảo từng nói rằng: "Đây là đĩa nhạc hay nhất Việt Nam".[8]

Báo Gia đình xã hội mô tả album đầy đặn và kết hợp được những gì tinh tuý nhất của Thanh Lam và Quốc Trung, là viên ngọc sáng có được sau cả một quá trình làm việc. Tuy nhiên họ cũng chỉ ra việc ly hôn đã khiến cho không gian của album bị khép lại.[35] Mây trắng bay về là album hoàn hảo của Thanh Lam, đó là nội dung tạp chí Đẹp trong bài viết về Nắng lên (2004) của cô.[36] Báo Cảnh sát toàn cầu phân tích album "là một sản phẩm âm nhạc có chất lượng tuyệt hảo nhất của Thanh Lam" với mọi sở trường "được phô diễn": "bản năng và kỹ thuật được hòa trộn hoàn hảo, đủ 'điên' để mê dụ khán giả, nhưng cũng đủ tinh tế để những ai khó tính nhận ra Thanh Lam thực sự đã chín muồi cả trong tâm hồn lẫn giọng hát".[37]

Mây trắng bay về đã trở thành nguồn cảm hứng cho các nghệ sĩ thực hiện những album nhạc theo dạng album chủ đề như Nhật thực (2002), Khu vườn yên tĩnh (2004), Suối & cỏ (2006), Khởi hành (2014), Gặp tôi mùa rất đông (2014) hay Bản nguyên (2016),...[38]

Năm 2011, album trở thành 1 phần trong chương trình kết hợp giữa Quốc Trung và Thanh Lam, 'Đường xa... Mây trắng', được tổ chức bởi Không gian âm nhạc, đạo diễn bởi Việt Tú. Chương trình là sự cộng hưởng của Đường xa vạn dặm và Mây trắng bay về, và được đánh giá cao về mặt chuyên môn và cũng đánh dấu sự trở lại hợp tác của bộ đôi nghệ sĩ nổi tiếng của nhạc nhẹ Việt Nam[39]. Chương trình có sự xuất hiện của nhiều nghệ sĩ như Thanh Hoài, Kiều Anh, và đặc biệt của 2 người con chung của gia đình Thanh Lam và Quốc Trung.[6][7][16][17][18][40]

Hầu hết các ca khúc trong Mây trắng bay về được phối lại và đưa vào 2 album tuyển tập sau đó của Thanh Lam là Giọt Lam (2006) và Lam xưa (2008).

Trong giai đoạn 2011-2015, Quốc Trung trực tiếp đạo diễn chương trình Cầm tay mùa hè – lấy tên theo ca khúc mở đầu album[41]. Đây là chương trình thường niên, được tổ chức mỗi năm 1 lần[32][42] với các nghệ sĩ khách mời như Thanh Lam, Mỹ Linh (cùng ban nhạc Anh Em), Uyên Linh, Tùng Dương, Hà Trần, Phạm Hà Linh,...

Trực tiếp Quốc Trung đã thực hiện việc tái bản và chỉnh âm Mây trắng bay về vào năm 2013 với số lượng cũng hạn chế mặc dù được rất nhiều người hâm mộ quan tâm. Anh nói: "Mây trắng bay về không còn bán trên thị trường dù có rất nhiều lời đề nghị phát hành tiếp... Remastered là một cách để chúng tôi mix lại chất lượng âm thanh tốt hơn. Điều này đáp ứng nhu cầu của người nghe bây giờ, nhưng vẫn giữ lại phần thu âm trước đây của Thanh Lam bởi đó là cảm xúc, không thể thay thế được... Hi vọng đây là món quà cho những người yêu Thanh Lam."[32]